FlixTrain, filiale à 100 % du groupe FlixMobility, a été créé en août 2017, et exploite des trains en open access en Allemagne depuis avril 2018. Avec la crise sanitaire, FlixTrain a dû suspendre pour la deuxième fois ses activités le 3 novembre 2020. FlixTrain avait annoncé le 14 avril 2021 la reprise progressive de ses activités, et le 11 mai son intention d’exploiter de nouvelles relations, afin de doubler son offre low cost grandes lignes. FlixTrain sous-traite l’exploitation de ses trains soit à l’opérateur UEF Eisenbahn-Verkehrsgesellschaft mbH basé à Ettlingen, soit à l’opérateur IGE (Internationale Gesellschaft für Eisenbahnverkehr) basé à Hersbruck, soit à l’opérateur SVG (Schienenverkehrsgesellschaft) basé à Stuttgart, qui mettent à disposition l’engin de traction, Vectron ou Taurus de location, les conducteurs et le personnel d’accompagnement.
FlixTrain exploite à nouveau en Allemagne :
• depuis le 20 mai, les relations FLX 20 Hambourg Hbf – Hambourg Harburg – Brême – Osnabrück – Münster – Gelsenkirchen – Essen – Duisbourg – Düsseldorf – Cologne Hbf en collaboration avec IGE, et FLX 30 Aix-la-Chapelle (Aachen) – Cologne – Düsseldorf – Duisbourg – Essen – Dortmund – Hamm (Westphalie) – Gütersloh – Bielefeld – Hanovre – Stendal – Berlin Spandau – Berlin Hbf – Berlin Südkreuz en collaboration avec SVG ;