Au bord de la saturation, le complexe de Paris-Lyon-Bercy doit en permanence trouver des solutions pour y faire face. En optimisant les installations ferroviaires existantes ou en en construisant de nouvelles.
Les sites de Paris-Lyon et Bercy se caractérisent par des trafics qui sont globalement tous en progression : TGV, TER Bourgogne, Transilien des lignes D et R. La saturation des trains est proche, voire atteinte à certaines heures de pointe. Et ces trains sont pour la plupart à leurs compositions maximales… Plusieurs axes de réflexion sont actuellement suivis pour permettre soit d’améliorer l’exploitation de la gare elle-même, soit d’augmenter le nombre de sillons à disposition sur certaines voies, soit de pouvoir accueillir des trains supplémentaires. La création du futur PAI (poste d’aiguillage informatisé) de la gare de Lyon va permettre la démolition du bâtiment historique, situé au milieu de la plate-forme ferroviaire. La place libérée sera mise à profit pour allonger les voies 5, 7 et 9 de façon à ce que la réception de TGV en UM y soit possible, ce qui n’est pas le cas aujourd’hui. La capacité de la gare s’en trouvera améliorée par la suppression de cette contrainte et ouvrira les portes à une petite capacité supplémentaire. L’utilisation des voies M est appelée à augmenter encore. Jusqu’à présent, ces voies « marchandises » étaient essentiellement parcourues par des mouvements de matériel vide entre les sites de maintenance de Villeneuve (voitures, Transilien, TGV) et ceux de Paris (Bercy pour Transilien, TGV pour Conflans) ou l’approvisionnement direct des gares de Lyon surface et souterraine et Bercy.
Une première étape est franchie en 1996 avec la création de la bifurcation TGV de Créteil et la mise en place de liaisons directes rapides entre les voies M et les voies rapides au sud de cette bifurcation (Km 10). Les flux TGV et autres (TER, Intercités, ligne R) peuvent ainsi être séparés jusqu’à Paris. Cet aspect technique était incontournable avec la montée en puissance de la gare de Bercy, qui accueille désormais les TER Bourgogne du Morvan et de Dijon – Lyon ainsi que les Intercités de l’Auvergne (Paris – Nevers et Paris – Clermont-Ferrand). En effet, la gare de Bercy n’est accessible que depuis les voies M. En 2017-2018, la gare de Bercy recevra enfin des signaux carrés de voies principales (deux feux rouges) en sortie des voies à quai à la place des tableaux lumineux de correspondance. L’exploitation en sera facilitée et surtout normalisée. L’autre contrainte est le croisement à niveau des voies M avec les voies d’entrée-sortie de la gare de Bercy. L’augmentation combinée des trains à Bercy et de l’utilisation des voies M de et vers Paris-Lyon est gênée par ce cisaillement à niveau, qui empêche la sortie simultanée d’un train de Bercy et l’arrivée d’un train voie 2 M pour Paris-Lyon. Le projet prévoit la construction d’un « terrier » pour la voie 2 M qui passerait ainsi sous les voies de sortie de Bercy. Un point particulier a grandement facilité l’exploitation de ce complexe. Il s’agit du développement des rames automotrices ou réversibles pour le TGV, le TER et les lignes de banlieue combiné à l’emploi de rames-blocs.