Figurant sur la liste nationale des traversées à niveau préoccupantes, ce PN affiche un moment important de quelque 16 000 véhicules/jour, dont 500 poids lourds, et 128 circulations ferroviaires de Strasbourg vers Rothau, Barr et Sélestat, occasionnant une fermeture de 3 heures en cumulé. Situé à la sortie immédiate de la gare côté ouest, il protège les trois voies ferrées de la ligne 110 du RFN (Strasbourg – Saint-Dié), qui recoupent la route d’accès à la ville en venant du sud, également très fréquentée par des piétons et cyclistes, dont de nombreux scolaires. Un projet de passage dénivelé a donc été mis au point pour 25,3 millions d’euros supporté par l’État et SNCF Réseau à hauteur de 50 %, le conseil départemental du Bas-Rhin (20 %), la région Grand-Est (20 %) et la ville de Molsheim (10 %). Les travaux sur le site ont démarré en juin 2017 et dureront jusqu’à l’automne 2019. Ils consistent à créer des trémies d’accès de part et d’autre de l’ouvrage, supportant trois voies ferrées dont les tabliers métalliques ont été lancés au début 2018 sous couvert de coupures du trafic ferroviaire. On profitera du chantier pour réaménager les deux carrefours routiers proches de l’avenue de la Gare (route de Dachstein) et de la rue de la Commanderie (route industrielle de la Hardt). En sus, afin de sécuriser le passage des piétons et cycles, une piste cyclable et une rampe d’accès pour personnes à mobilité réduite sera établie en parallèle aux chaussées routières.