À la fin du service d’été 1989, l’antenne Saint-Auban – Digne est fermée aux voyageurs, éliminant la circulation de l’Alpazur. La préfecture des Alpes-de-Haute- Provence est alors avec Privas en Ardèche la seule en France à ne plus être desservie par le rail.

Le 28 mai 1989 un Talgo en places couchées unit Zurich et un peu plus tard Milan à Barcelone via Avignon, Narbonne, Irun.

Le 30 septembre 1990 un rapide accéléré Grand-Sud est ajouté de Bordeaux à Nice. Le train de nuit Esterel laisse la place au Phocéen poussé de Marseille à Nice, celui joignant Paris – Marseille via Cavaillon, Port-de- Bouc disparaît à la fin de l’été 1991.

Des IPCS sont posées d’Antibes à Nice avec troisième voie à quai banalisée et PRS à Cagnes-sur-Mer, puis de Miramas à Berre en 1992.

Pour l’hiver les traditionnels 5051/5050 Paris – Nice sont limités au parcours Dijon – Nice avant de disparaître un peu plus tard.

En 1993 le programme de pose des IPCS touche encore Les Arcs – Cannes et en 1994 Menton – Vintimille où conjointement les FS ont construit un nouveau faisceau sur la rive droite de la Roya en bordure de la ligne de Coni afin de soulager les faisceaux locaux. Il est accessible par un raccordement en triangle à voie unique sous 1,5 kV venant à la fois de Nice par le tunnel de Calandre et de Vintimille, nécessitant l’élargissement pour trois voies du viaduc en amont sur le cours d’eau précité.

Des BB 8500 sont alloués au dépôt d’Avignon pour trafic TER et fret notamment vers le golfe de Fos. L’usage des segments RRR sur le val de Durance est fortement décrié par la clientèle pour leur inconfort, ce qui milite pour leur retrait avec engagement de rames Corail courtes.