L’avenir de cette ligne transfrontalière, soutenue par les autorités côté suisse comme côté français, devrait être assuré.
Alors que le sort de certaines dessertes (cas de la relation TER sur la ligne Andelot – Saint- Claude) en France se révèle incertain, la section internationale Val-de-Travers – Pontarlier ne semble pas devoir être remise en question. Cette ligne est reconnue, sur territoire suisse, comme nécessaire – elle sert notamment à un trafic de bois au départ des Verrières de CFF Cargo – et continue, même si cela s’effectue de manière adaptée, à être entretenue. Côté français, la reconduction de Marie-Guite Dufay à la présidence de la région Bourgogne-Franche-Comté est de nature à lever toute hypothèque. En effet, Marie-Guite Dufay s’est fermement engagée, à l’occasion de l’arrêt du TGV Neuchâtel – Berne, pour le maintien d’une liaison transfrontalière (trois AR quotidiens) via Pontarlier et en correspondance à Frasne avec les Lausanne – Paris. Du reste, des discussions portant sur le remplacement du matériel Colibri par une plateforme de type Flirt France à l’horizon 2019 seraient actuellement en cours. Enfin, on fait aussi remarquer à la région Bourgogne- Franche-Comté que l’état de la section transfrontalière, sans être parfait, n’est pas des plus vétustes. Il n’y a donc pas actuellement d’écueil financier au maintien de la ligne, ce d’autant plus que celle-ci est dépourvue d’ouvrage d’art important. Parallèlement, on comprend que l’avenir de la ligne internationale en provenance de Morteau et à destination de La Chaux-de- Fonds n’est pas inéluctablement aussi sombre qu’il n’y paraît. La difficulté à équiper les véhicules français de systèmes de sécurité suisses (l’ETCS niveau 1 LS est attendu pour 2017) pourrait être contournée à terme par la mise en place de correspondances directes au Col-des-Roches. Cette option exigerait cependant l’absolue ponctualité des TER de Bourgogne- Franche-Comté. En effet, le nouveau concept horaire appliqué côté suisse, ne permet aucunement d’attendre les trains, le cas échéant en retard, afin d’assurer les connexions.